Trường Tiểu học Thạnh Mỹ Lợi được chính thức thành lập tại Khu phố 2, phường Thạnh Mỹ Lợi, quận 2 và đi vào hoạt động từ tháng 8/1993 theo Quyết định số 668/QĐ – UB- TC ngày 23 tháng 8 năm 1993 của UBND quận Thủ Đức trên cơ sở tách ra từ Trường Phổ thông cơ sở Thạnh Mỹ Lợi.
Tháng 10/2008 trường chính thức được xây dựng mới trên khuôn viên của Ủy ban nhân dân phường Thạnh Mỹ Lợi (Khu phố 2, phường Thạnh Mỹ Lợi, quận 2) có tổng diện tích sàn xây dựng 4189 m2 với quy mô 01 trệt 02 lầu với 25 phòng học, mỗi phòng có diện tích 48m2 được trang bị đầy đủ đèn, quạt, bàn ghế 02 chỗ theo lứa tuổi. Ngoài một số phòng chức năng cần thiết như: Phòng vi tính, phòng âm nhạc, thư viện, phòng thiết bị, phòng y tế, phòng nha, phòng hành chính, trường còn có 01 hội trường rộng 214m2 với sức chứa 100 chỗ ngồi.
Nhân sự nhà trường gồm 58 thành viên chính thức theo bảng lương và 44 thành viên hợp đồng. Chi bộ nhà trường gồm 14 đảng viên đạt tỷ lệ 24,1% đảm bảo sự lãnh đạo của Đảng trong nhà trường.
Nhà trường có đội ngũ giáo viên nhiệt tình, có năng lực chuyên môn, yêu nghề, ham học hỏi, hết lòng vì học sinh (100% giáo viên đạt chuẩn, 40/47 đạt trình độ trên chuẩn. Tỷ lệ: 85,1%).
Tỷ lệ học sinh khá, giỏi của nhà trường ngày một nâng cao về chất lượng. Các em hoàn thành chương trình tiểu học 100% nhiều năm liền. Nhà trường thực hiện tốt công tác quản lý nên trong 05 năm liền trường không có học sinh bỏ học, hiệu suất đào tạo đảm bảo trên 99,0%.
Với những nỗ lực của đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên trong suốt thời gian qua, nhà trường đã đạt được các danh hiệu thi đua và thành tích khen thưởng như sau:
- Chi bộ đạt trong sạch vững mạnh từ năm 2012 đến 2015; 2017.
- Bằng khen Thủ tướng Chính phủ năm 2011 – 2012.
- Cờ thi đua Xuất sắc của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh năm học 2011-2012.
- Được Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh công nhận là Tập thể lao động Xuất sắc liên tục từ năm 2012 đến 2017.
- Bằng khen của Ủy ban nhân dân thành phố năm học 2013-2014; 2015 – 2016.
- Công đoàn được công nhận:“Vững mạnh xuất sắc nhiều năm và nhận Bằng khen của Liên đoàn lao động thành phố, năm học 2013-2014.
- Chi đoàn hoàn thành xuất sắc công tác Đoàn nhiều năm liền, năm 2013 – 2014 được Thành đoàn tặng bằng khen; Liên đội đạt xuất sắc từ năm 2012 đến 2016, được bằng khen Thành đoàn năm học 2015-2016.
- Trong giai đoạn hiện nay, với xu hướng hội nhập quốc tế, đòi hỏi mỗi nhà trường phải xác định cụ thể các tiêu chí phấn đấu nhằm đảm bảo yêu cầu ngày càng cao về chất lượng giáo dục và đảm bảo các tiêu chuẩn cần đạt theo quy định Thông tư số 42/2012/TT-BGDĐT ngày 23 tháng 11 năm 2012 của Bộ Giáo dục và Đào tạo về tiêu chuẩn đánh giá chất lượng giáo dục và quy trình, chu kỳ kiểm định chất lượng giáo dục cơ sở giáo dục phổ thông, cơ sở giáo dục thường xuyên, Trường Tiểu học Thạnh Mỹ Lợi đã tiến hành thực hiện quy trình tự đánh giá kiểm định chất lượng của đơn vị.